Trong chế biến ướt cà phê, lên men không chỉ đơn thuần là quá trình tạo hương vị mà trước hết giúp phân giải và loại bỏ lớp chất nhầy (mucilage) bao quanh hạt. Quá trình này diễn ra thông qua nhiều biến đổi sinh học và hóa học, trong đó phân giải bằng enzyme và acid hóa môi trường là hai cơ chế quan trọng. Bài viết giải thích cách chất nhầy bị suy yếu, mất cấu trúc và tách khỏi hạt trong quá trình lên men cà phê.