Vỏ trấu hay vỏ thóc (Endocarp), là lớp mô cứng trong cùng của thành quả (pericarp), bao bọc trực tiếp lấy hạt nhân. Khi hạt cà phê được tách vỏ quả nhưng vẫn giữ lại lớp này (thường thấy ở sơ chế ướt và Honey), nó được gọi là Cà phê thóc (Parchment coffee).

Về mặt mô học, Endocarpđược cấu tạo chủ yếu từ nhiều lớp tế bào mô cứng (Sclerenchyma) đan xen chặt chẽ. Các tế bào này trải qua quá trình “hóa gỗ” (lignification) mạnh mẽ với thành phần chính là cellulose và lignin. Cấu trúc này tạo nên đặc tính vật lý dai, cứng và khả năng chịu lực cơ học cao, hoạt động như một lớp “áo giáp” bảo vệ phôi và nội nhũ mỏng manh bên trong.
Pericarp, Endocarp và Parchment
Cần lưu ý, trong sinh vật học Pericarp là thuật ngữ thực vật học chỉ toàn bộ phần vỏ và thịt bao bên ngoài hạt, được phát triển từ bầu nhụy (ovary wall).
Công thức chung là:
Pericarp = Exocarp (Vỏ ngoài) + Mesocarp (Thịt/Nhầy) + Endocarp (Trấu)
Như vậy, Endocarp chỉ là một phần nhỏ nằm trong Pericarp.

Endocarp vs. Parchment là hai từ đồng nghĩa nhưng được dùng trong hai ngữ cảnh khác nhau:
- Endocarp (Nội bì): Là thuật ngữ Sinh học/Giải phẫu. Dùng khi đề cập đến cấu tạo tế bào, soi kính hiển vi, hoặc mô tả quá trình phát triển của quả trên cây.
- Parchment(Vỏ thóc): Là thuật ngữ dùng trong sơ chế /thương mại. Khi quả cà phê đã được xát vỏ, lên men và rửa sạch. Lúc này, lớp Endocarp lộ ra, khô lại, nhìn giống vỏ trấu (như của lúa, thóc) nên người ta gọi là cà phê thóc (parchment coffee).
Trong quy trình chế biến, vai trò quan trọng nhất của Endocarp nằm ở giai đoạn làm khô (Drying). Nó hoạt động như một lớp màng chắn sinh học giúp điều tiết tốc độ thoát hơi nước. Endocarp ngăn cản việc hạt nhân mất nước quá nhanh (gây vỡ cấu trúc tế bào) hoặc bị tái hấp thụ độ ẩm từ môi trường. Việc giữ nguyên vẹn vỏ trấu cho đến giai đoạn nghỉ (resting) là điều kiện tiên quyết để ổn định hoạt độ nước (aw) và bảo toàn hương vị. Nếu lớp vỏ này bị rách trong quá trình xát vỏ (pulping), phôi hạt sẽ chết, dẫn đến các lỗi hương vị do oxy hóa hoặc nhiễm nấm mốc.